蛋白质组学

分析工具

NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov)-GenBank数据库

数据库相似性搜索——核酸序列与核酸数据库比较(BLASTN)
  蛋白质序列与数据库中蛋白质序列比较(BLASTP)
  两序列比对(Align two sequences)

DNA序列分析——ORF Finder(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析实验序列外显子部分——GENSCAN(http://genscanw.biosino.org)
分析实验序列的可能酶切位点——NEBcutter2.0  (http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php)
注: Custom digest -- view gel

限制性内切酶数据库——REBASE(http://rebase.neb.com/rebase/rebase.html)

设计引物扩增实验序列——Genefisher 
  Primer 3

蛋白质序列分析及结构预测:
  1.预测蛋白质的分子量及等电点:ExPASy(Compute pI/Mw)
  2.分析蛋白质的基本物理化学性质:ExPASy(ProtParam)
  3.分析蛋白质的亲水性和疏水性:ExPASy(ProtScale)
  4.分析蛋白质在各种蛋白酶和各种化学试剂处理后的内切产物:ExPASy(PeptideMass)  [* :kinase K]
  5.分析蛋白质的信号肽:ExPASy(SignalP)
  6.预测蛋白质的二级结构:ExPASy(Jpred 3)

多物种分子系统发育分析:EMBL(www.ebi.ac.uk/embl/)--Toolbox--Clustal2W

人脂联素蛋白质序列:NP_004788
人类胰岛素生长因子IB前体:P05019






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