蛋白质组学

中国大学MOOC的生物信息学之山东大学

不知道学习的朋友多不多,反正留言参与推动高校生物信息学课程改革的朋友很少。

确实各大高校的课程设置,跟不上生物信息学的发展速度啊!这两天我会把中国大学MOOC的生物信息学课程搬运过来推荐给大家,如果确实有需要的朋友,可以查漏补缺,适当看一看。但是我们的重点是讨论一下新时代的生物信息学课程设置,不应该是这样的泛泛而谈的生物信息学认知课。

我这里起一个头,我希望高校可以开设的课程包括;

肿瘤数据库之TCGA计划(希望可以介绍NGS技术在肿瘤学的应用,TCGA计划的来龙去脉,数据背后的生物学认知革命)

实用生物信息学统计大全(包括差异分析,富集分析,GSEA,WGCNA,GSVA等等)

生物信息学图表绘制课(各种NGS组学数据下游分析图表展示示例讲解)

其它待你补充哦

今天我们推荐的是山东大学的生物信息学课程(是中国大学MOOC的3大生物信息学公开课里面内容最多,参与人数最多,好评最多的!)

https://www.icourse163.org/course/SDU-1001907001

课程前言

课程介绍非常的口语化,建议你自行前往课程主页学习哦!其实你看下面的目录也是可以看出来的

课程目录01 绪论

1.1 课程介绍

1.2 探索生物信息学神秘岛

1.3 生物信息学是神马

1.4 这门课学神马

第二章:生物数据库(第一部分)

2.1 为什么需要生物数据库

2.2 生物数据库的分类

2.3 文献数据库:PubMed

2.4 一级核酸数据库:GeneBank

2.5 一级核酸数据库:基因组数据库

2.6 二级核酸数据库

第二章:生物数据库(第二部分)

2.7 一级蛋白质序列数据库:UniProtKB

2.8 一级蛋白质结构数据库:PDB

2.9 二级蛋白质数据库:Pfam,CATH,SCOP2

2.10 专用数据库:KEGG,OMIM

第三章:序列比较(第一部分)

3.1 认识序列

3.2 序列相似性

3.3 替换记分矩阵

3.4 序列两两比较:打点法

3.5 序列两两比较:序列比对法

3.6 一致度和相似度

第三章:序列比较(第二部分)

3.7 在线双序列比对工具

3.8 BLAST搜索

第三章:序列比较(第三部分)

3.9 多序列比对介绍

3.10 在线多序列比对工具

3.11 多序列比对的编辑和发布

3.12 寻找保守区域

第四章:分子进化与系统发生

4.1 进化的故事

4.2 基本概念

4.3 系统发生树

4.4 系统发生树的构建

4.5 MEGA7构建NJ树

4.6 课后甜品

第五章:蛋白质结构预测与分析(第一部分)

5.1 蛋白质的结构

5.2 蛋白质的二级结构

5.3 蛋白质的三级结构

5.4 三级结构可视化软件VMD

第五章:蛋白质结构预测与分析(第二部分)

5.5 计算方法预测三级结构

5.6 三级结构的比对

5.7 蛋白质分子表面性质

第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分)

5.8 获取蛋白质四级结构

5.9 蛋白质-蛋白质分子对接

5.10 蛋白质-小分子分子对接

5.11 虚拟筛选与反向对接

5.12 分子动力学模拟

第六章:高通量测序技术及应用

6.1 基因组学与测序技术

6.2 高通量测序技术在精准医学中的应用

6.3 生物信息学面临的挑战

6.4 从头测序

6.5 重测序

6.6 转录组测序

6.7 表观基因组学

6.8 猛犸象基因组测序计划

6.9 古基因组学面临的挑战

6.10 古基因组学研究中的生物信息技术

第七章:统计基础与序列算法

7.1 贝叶斯公式及其生物学应用

7.2 二元预测的灵敏度和特异度

7.3 基本序列算法

第八章:数据挖掘

8.1 什么是数据挖掘

8.2 数据库系统

8.3 机器学习

8.4 WEKA

第九章:编程基础与网页制作(第一部分)

9.1 Linux操作系统

9.2 Linux基本命令

9.3 Perl语言基础入门

9.4 Perl语言基础高级

第九章:编程基础与网页制作(第二部分)

9.5 前端开发和HTML介绍

9.6 HTML常用标签

9.7 设计简单的网页

9.8 HTML与CGI简单交互

可以看到,基本上是围绕着生物信息学早期概念而展开的,现在流行的NGS测序,以及各种的组学技术都没有涉及。

参考资料

陈铭主编,生物信息学(第三版),科学出版社,2018年6月。







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