蛋白质组学

解析:多肽从头测序中的肽片段裂解细节(下)

肽片段裂解规则总结

大多数肽片段离子是b离子或y离子。a离子比较常见,因为b离子丢失CO后就可得到a离子。

随体离子(dn,vn,wn离子)由高能CID形成。

含丝氨酸丝氨酸,苏氨酸,天冬氨酸 和谷氨酸的离子会形成中性分子丢失水(-18)。

含天冬酰胺,谷氨酰胺,赖氨酸,精氨酸的离子会形成中性分子丢失亚胺(-17)。

天冬酰胺的亚胺中性丢失会导致片段离子(y-17)或(b-17)离子的丰度高于其对应离子。

当C端具有基础残基时,该肽会生成(bn-1+18)离子。

可以在多电荷离子光谱中观察到互补的b-y离子对。该b-y离子对的下标的总和等于未知肽中氨基酸残基的数量总和。

如果C端为精氨酸或赖氨酸时,可以在光谱中找到y1 离子,可以证明这一点。

肽裂解成片段的方法

在低能CID中,b离子和y离子是主要的离子产物。 另外,在含有RKNQ氨基酸的片段中可观察到丢失的亚胺(-17 Da),在含有STED氨基酸的片段中可观察到丢失水(-18 Da)。光谱中不会显示任何随体离子。

在高能CID中,可以观察到所有不同类型的碎片离子,但不会观察到丢失亚胺或丢失水。

在ETD(电子转移解离)和ECD(电子捕获解离)中,c,y,z+1,z+2离子为主要离子,有时候还包括w离子。

MALDI中的PSD(源后衰变)中,最常见的离子产是物a,b,y离子。

影响肽裂解成片段的因素包括电荷状态(电荷状态越高,裂解所需的能量越少),肽的质量(质量越大,所需的能量越多),所需能量(能量越高导致片段化越多),最初的氨基酸序列,裂解方式和碰撞气体。

本文由百泰派克生物整理编辑,参考文献:

De novo peptide sequencing,en.wikipedia.org/wiki/De_novo_peptide_sequencing#cite_note-14

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