蛋白质组学

非标记定量Label-free定量蛋白质技术

非标记定量Label-free定量蛋白质技术是通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析,无需使用同位素标签做样本标记,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样品中相应肽段的信号强度,从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。

非标记定量Label-free定量蛋白质技术原理

非标记定量Label-free定量蛋白质认为肽段在质谱中被检测的频率与其在样品中的含量成正相关,因此通过适当的算法,可以将肽段检测计数与蛋白质含量对应起来。按照其原理主要分为两种,第一种spectrum counts类的非标记方法,发展比较早,已经形成多种定量算法,但是主要的原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量的原理是以MS1为基础,计算每个肽段的信号强度在LC-MS上的积分。

非标记定量Label-free定量蛋白质组学技术近年来成为重要的质谱定量方法,百泰派克生物科技有限公司采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台,Orbitrap Fusion质谱平台,Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC,推出基于非标记定量Label-free定量蛋白质技术分析服务包裹。

非标记定量Label-free定量蛋白质技术与iTRAQ/TMT的比较

 

非标记定量Label-free定量蛋白质技术特点:

1. 不需要标记处理,操作简单,成本低、实验周期短;

2. 每个样品单独处理、上机;

3. 可以做任意样本的总蛋白质差异定量,样品类型不受限制;

4. 对单个样品的蛋白总量要求相对较低,对于组织本身蛋白量不高,可以选择label-free,适用于一些难收集样品;

5. 定性没有问题,但是定量的准确性较标记定量稍差,会受到质谱稳定性等因素的影响;

6. 适合于大样本量的定量比较(大于24个样本)。

非标记定量Label-free定量蛋白质技术应用范围:

1. 适合于含有高丰度蛋白样本;

2. 可用于差异较大的样本(不同物种、不同组织部位);可包括“有无”蛋白的比较。

3. 不需要对比较样本做特定标记处理,只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化,通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。







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