代谢组学

什么是转录组? 代谢组与转录组如何关联分析?

转录组(RNA-Seq):在生物学研究中,一个物种在不同处理条件下,某一特定性状会存在明显差异,以差异明显的个体互为对照,往往可以作为寻找、研究特定性状相关调控基因的良好材料。代谢组(metabolome):指参与生物体新陈代谢、维持生物体正常生长发育功能的小分子化合物的集合,主要是指相对分子量小于1000的内源性小分子。代谢物是基因型与表型之间的桥梁,代谢物的变化更能直接揭示基因的功能,因此能够更有效地揭示生物学及其生化、分子机理。将转录组与代谢组联合分析,能够更好地找到关键调控代谢通路、找出关键调控基因、解释生物体生长发育、环境响应、生理状态、病理应答的分子机制。

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那么如何进行代谢组与转录组关联分析?总的来说,基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。今天小编就为大家介绍一款超实用的转录组与代谢组关联分析软件Metscape。

Metscape是一个用于在人类代谢网络背景下可视化和解释代谢组数据的Cytoscape插件。我们通过提取和整合来自几个公共来源的信息开发了一个代谢物数据库。通过查询这个数据库,Metscape允许用户追踪代谢物和基因间的连接,可视化化合物网络并显示化合物结构以及反应、酶、基因和通路信息。Metscape能够显示整个代谢网络或数据库中存在的任何通路特异性网络。什么是转录组

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1、BPA处理后微藻生化特征与BPA降解效率

  4种BPA浓度处理都不能显著影响微藻 Desmodesmus sp.WR1 的生长和其它生化指标,说明该微藻对BPA有良好的适应能力。同时在以上4种浓度下,BPA降解比率分别为57%, 25%, 18%和26%,说明该微藻有较大的BPA处理潜力。
2、代谢组分析
  LC-HRMS 结果显示各个peak中的化合物,包括peak-A(3种),peak-B(5种),peak-BPA(3种)。除了与前人报道一致的结果外,作者还首次发现了新的BPA代谢物,如2-hydroxy-3-hydroxymethy BPA,3-hydroxymethyBPA糖苷,monophenols(单酚类)等。

  基于上述发现,作者推测,微藻降解BPA存在其它代谢途径。主要通过oxidative氧化,hydroxylation羟基化,glycosylation糖基化和oxidativecleavage氧化解离等作用生成新的代谢产物

3、转录组分析
通过无参转录组de novo assembly,N50长度为1905bp。作者进而重点关注BPA处理后的相关DEGs和通路,发现氧化还原酶活性oxidoreductase activity相关基因显著差异,说明微藻通过上调这些基因提高BPA氧化反应,达到生物降解的目的。







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