代谢组学

代谢组

代谢组是指生物体内源性代谢物质的动态整体。而传统的代谢概念既包括生物合成,也包括生物分解,因此理论上代谢物应包括核酸、蛋白质、脂类生物大分子以及其他小分子代谢物质。但为了有别于基因组、转录组和蛋白质组,代谢组之前只涉及相对分子质量约小于1000的小分子代谢物质,现在以上几种物质均有囊括。

大致路线如图:检测代谢物的中类从大类主要分为:氨基酸(甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢;丙氨酸和天门冬氨酸代谢;谷氨酸代谢;组氨酸代谢;赖氨酸代谢;苯丙氨酸代谢;酪氨酸代谢;色氨酸代谢;缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸代谢;半胱氨酸、蛋氨酸、SAM、牛磺酸代谢;尿素循环;精氨酸、脯氨酸、代谢等),肽(二肽;gamma-glutamyl等)、碳水化合物(糖、甘露糖、半乳糖、淀粉、蔗糖代谢,糖酵解,糖质新生,丙酮酸代谢;核苷酸糖,戊糖代谢等)、能源(三羧酸循环,氧化磷酸化等),脂质(必需脂肪酸,中链脂肪酸;长链脂肪酸;肉碱代谢;胆汁酸代谢;Glycerolipid 新陈代谢;Lysolipid; Monoacylglycerol;鞘脂类、固醇/类固醇等)、核苷酸(嘌呤代谢,(海波)黄嘌呤/包含;肌苷嘧啶代谢,胸腺嘧啶包含;缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸的新陈代谢等),辅助因子和维他命(抗坏血酸盐和aldarate代谢;血红蛋白和卟啉代谢;泛酸盐和CoA新陈代谢;生育酚代谢等),外源性物质(苯甲酸酯代谢;化学药品),代谢物实测合计300种以上,广泛应用于医学、农业、制药、食品等行业中。代谢组学的数据分析思路大致套路:1.描述检测代谢物种类;2.PCA组成分分析确定代谢物在相同分组中的稳定性(即组内重复性和组间差异性);3.筛选差异代谢物;4.差异代谢物所分布的信号转导通路(PATHWAY);5.差异代谢物随时间或大于阶段的变化规律分析;6.分子标志物筛选。当然,根据不同实验目的,还有特殊的分析模式。






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