转录组学

承包了你2020生物信息学文献

第31期

在UVB诱导小鼠皮肤癌模型里发现ITH比TMB更能预测免疫治疗效果

m6A调控因子的pan-cancer数据挖掘

GTEx v8最新数据和功能

第30期

简单实用的人类肠道菌群数据库

新型转座因子探测工具

如何在学术界找工作的最新调查报告

第29期

评估癌症免疫力的新一代工具

新一代的变异发现工具

scATAC-seq和深度学习联合揭示2型糖尿病的调控特征

快速搜索单细胞数据资源

第28期

研究RNA与染色质构象相互作用的方法

蛋白质体外液液相分离数据库—— LLPSDB

一文综述利用多组学数据构建调控网络的方法

第27期

单细胞空间转录组分析和可视化流程

交互式的Nextflow流程开发工具

当前最佳的单细胞RNA-seq数据分析教程

第26期

Cell 发文 pan-cancer 转录组研究揭示可变启动子的重要调控功能

藏人基因组组装

第25期

植物基因家族研究的黄金范本

基于贝叶斯分层模型的可变剪切检测工具

生信分析中控制FDR方法的实用指南

与侵袭性甲状腺癌进展相关的基因组和转录组特征的综合分析

第24期

玉米种子发育过程的转录调控和肺癌不同进展期的免疫调控数据分析的比较

一套快速高效的宏基因组分析流程

在多个物种中比较短序列RNA-seq的组装工具

用Charlson合并症指数强化机器学习模型

第23期

HUPAN:构建人类或者大型真核生物的泛基因组的可靠工具

使用未知微生物组的数据来提高模型的准确性

一文阐述DNA甲基化在哺乳动物发育和疾病中的不同作用

把TCGA的参考基因组换成hg38后的影响

第22期

再见线性基因参考序列,你好基因组图谱

快速、省资源的长读长基因组组装软件 Peregrine — 100分钟内完成人类基因组组装

一篇精简的肿瘤异质性研究综述

一篇综述介绍新生转录本(Nascent RNA)的研究内容和分析方法

使用机器学习算法找到软组织肉瘤的novel marker

跨平台和跨物种的单细胞分类计算工具SingleCellNet

第21期

分析微生物组你不得不知的软件 —— QIIME 2

癌症突变模式可以更新啦

适用于长序列和短序列的新型RNA-seq比对工具

第20期

大神级的RNA-Seq综述

CD24基因的扩增可作为乳腺癌独立预测因子

头颈癌基因药物关联数据库

泛癌症的膜蛋白调控网络

PreMedKB:疾病—基因—变异—药物知识库

第19期

一个整合转录组和基因组信息的工具——Texomer

植物基因家族挖掘神器

胰腺癌研究数据库

血液细胞中lncRNA的分类、起源和功能的一篇综述

第18期

大规模反刍动物群体遗传研究

单细胞RNA测序研究的实验设计指南

十年前收集病人五年前公布数据今天发nature

炎症性肠病中肠道微生态系统的多组学分析

第17期

你认为的潜在驱动突变可能只是因为它恰好处于易突变的位置

用于追溯微生物组来源的新工具

了解植物R基因的聚集模式帮助我们了解其抵御原理

新型高效地SV探测工具

第16期

胡杨属泛基因提供了该属的进化历史的更多细节

沉默突变并不“沉默”,认识一个癌症同义突变数据库

从scATAC-seq数据中同时识别细胞状态和顺式调控的R包

长序列测序和植物基因组从头组装的工具与策略

第15期

了解解决人类温饱问题最先进的育种技术

铁死亡,治疗耐药和免疫逃逸癌症的新思路

针对ATAC-seq数据特点专门开发的peak calling工具

SnapATAC—单细胞表观基因组快速准确的聚类分析方法

深度学习在生物医学中面临的机遇和挑战(超长综述)

第14期

将训练的机器学习算法与测序质量信息相结合的变异过滤方法

单细胞ATAC-seq分析的算法和工具包

不同形式的单细胞数据整合策略

TCGA数据库临床资料官方大全

机器学习在宏基因组数据中的应用

第13期

简单易用的最新 TE 注释流程

高分癌症分子亚型Meta-Analysis

用于训练机器学习模型的微生物组标准数据库

WGS 数据全面评估 69 种各类结构变异工具

植物近似基因组间基因错误注释情况分析

第12期

图谱基因组是未来基因组的趋势

利用动态贝叶斯网络预测纵向时间队列数据以重新整合数据

病人样本量不够公共数据库来凑

适用于两组转录组数据的全自动分析流程

十分推荐的全能多组学数据可视化 R 包

第11期

第一个针对转录组下游可变剪接分析的Unix命令行工具套件

有效提取高通量测序中的核苷酸变异信息

卵巢癌分子亚型异质性的临床价值

基因渗透分析助力解密小麦适应性进化方式

通过 COSMIC 数据库检测融合突变

探讨CAVIN1的表达及其作为GBM预后标志物的价值

第10期

基因组注释:我们仍然很难做到完美注释

别以为你稳了!不在参考基因组中的基因同样可能非常重要

长Read的重复序列的正确定位

一个 miRNA-disease 预测网站

第9期

宏基因组分类器 Kraken 的进化版: KrakenUniq

结合研究热点讲解水稻的进化历史

RNA-seq 的预处理一条龙工具

超高速细菌、病毒基因组的序列搜索方法

第8期

alignment-free (AF) 相关工具介绍

bam 文件回滚工具介绍

反义 lncRNA 转录可以影响DNA甲基化

一套分析 exRNA 的完整方案

第7期

联合同源推断和SVM获得蛋白质的亚核定位

可快速部署的宏基因组注释流程

TransLiG:一个高性能的RNA-seq de novo软件

一文带你了解DNA40年来的发展历史

第6期

真菌基因组完整性的评估工具

宏基因组入门必读

等多组学研究开心果

植物假基因进化起源与调控功能

大型动物miRNA数据集比较流程

第5期

一文带你了解人类基因组中主要的结构变异

增强子等顺式调控元件的预测结果的评估流程

一种用于宏基因组物种注释及定量的新方法

无门槛细菌基因组分析流程TORMES介绍

通过相似性融合的方法预测疾病之间的关系

难得一篇植物DNA甲基化分析方法综述

第4期

NITPicker工具判断特定的时间点取样、测定

epic2对MACS2的补充,关于ChIP-seq的peaks

结直肠癌8个国家地区人群的粪便宏基因组数据

植物和动物中由CNV引起导致的驯化相关的表型特征

单个遗传性肺癌患者多位点WGS数据

第3期

肿瘤特异性突变肽(新抗原)相关插入和缺失(indels)

有监督隐马尔科夫模型来预测哺乳类动物的基因组增强子

大麦的泛基因组、泛转录组(包含了该物种的所有基因)

人肠道菌群基因组的类结构变异(SV)

alignment-free RNA-seq quantifications 结果进行差异分析

第2期

泛基因组入门的读物

hg19和hg38究竟在后续的比对及SNV分析中有哪些差异

算法DisDrugPred用于药物的重定位,建立起药物和疾病的新关系

甲基化分析工具 RnBeads 在 bioconductor 上更新了其2.0版本

基于 streaming k-mer 的范围相似性来创建微生物组草图来实现微生物组测序数据的降维

第1期

利用TCGA数据库中的DNA甲基化数据来灌水

用于计算细胞间相似度的开源软件CellSim

优化的多线程 RNA-seq 数据分析流程

总结了目前比较流行的建立泛基因组和探索PAVs的方法

二代测序工作流程中的潜在错误来源,包括样品处理,文库制备,PCR富集和测序等步骤。

工具 MetaCHIP (“Meta”指“metagenomics”,“CHIP”指“Community-level HGT Identification Pipeline”)







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