蛋白质组学

MRM/PRM定量蛋白组学分析实验流程

MRM(Multiple Reaction Monitoring)是一种研究目标蛋白分子的靶向定量蛋白组学研究方法。MRM基于目标分子的信息,有针对性的选择数据进行质谱数据采集,对于符合目标离子规则的信号进行采集,去除不符合规则的离子信号的干扰。MRM质谱分析经过三个阶段:1, 通过MS筛选出与目标分子特异性一致的母离子; 2, 碰撞碎裂这些母离子,去除其他离子的干扰;3, 只对选定的特异MS/MS2离子进行质谱信号的采集。MRM质谱技术是高精准度的蛋白定量鉴定技术,是一次性精准定量研究复杂样品中多个目标蛋白的绝佳方法。如果借助同位素标记的目标肽段作为内参,可以实现蛋白绝对定量鉴定。

MRM/PRM定量蛋白组学分析实验流程

MRM技术特点

· 灵敏度高,经过两级质谱选择与目标离子一致的离子,排除干扰离子,极大提升信噪比,提高检测目标离子的准确度

· 通量高,一次性可以鉴定多达200多个蛋白

· 可以进行绝对定量分析,无需依赖抗体

· 高精准度鉴定低丰度蛋白,定量范围跨4个数量级

MRM技术应用领域

· 对Label-free等非靶向蛋白组研究结果验证

· 对多个蛋白质/肽段同时进行绝对定量研究

· 研究同源度较高,但缺乏特异识别抗体的蛋白家族变化

· 蛋白翻译后修饰定量研究

· 生物疾病靶标绝对定量研究

MRM分析样品要求

MRM技术服务生物信息学分析

· MRM谱图分析,蛋白质数据质量评估

· 多组分样本PCA分析

· 鉴定的蛋白功能注释:GO功能注释、 KEGG功能注释和COG功能注释

· 差异表达蛋白统计分析:韦恩图、火山图(Volcano Plot)

· 差异表达蛋白聚类分析:层次聚类、K-means聚类

· 差异蛋白相互作用分析:基于STRING 数据库进行蛋白互作网络分析

SRM/MRM的应用

· 验证iTRAQ差异蛋白;

· 验证无标记差异蛋白后续产物;

· 多肽和蛋白质绝对定量;

· 量化疾病指标,建立诊断模型;

· 磷酸化蛋白定量,甲基化蛋白定量;

· 其他翻译后修饰蛋白质定量;

· 通路定量分析。





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