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starBase 3.0王者归来,研究RNA必备神器!

starBase这个网站我们以前介绍过,去年网站有段时间上不去,如今王者归来,并且还升级到了3.0版。该网站主要是通过高通量的数据寻找潜在的miRNA-ncRNA,miRNA-mRNA, ncRNA-RNA,PBR-ncRNA以及RBP-mRNA的相互作用。

在细胞这个复杂的工厂里,各个基因功能的实现必然离不开环环相扣的调控网络,这种调控网络包括RNA-RNA, RNA-蛋白,蛋白-蛋白等等一系列的调控机制。

研究这种调控机制,也是做学术的医学生们发文章求毕业的必经之路。今天给大家推荐一款非常优秀的研究相互作用在线网络工具starBase(网址:http://starbase.sysu.edu.cn/)。

starBase在解螺旋既往的文章中有介绍,去年网站有段时间上不去,如今王者归来,并且还升级到了3.0版。该网站主要是通过高通量的数据寻找潜在的miRNA-ncRNA,miRNA-mRNA, ncRNA-RNA,PBR-ncRNA以及RBP-mRNA的相互作用。

目前,starBase v3.0可以从多维测序数据中识别出超过110万个miRNA-ncRNA、250万个miRNA-mRNA、210万个RBP-RNA和150万个RNA-RNA相互作用。并且,基于32种癌症的10,882个RNA-seq和10,546个miRNA-seq的基因表达数据,研究人员还能用starBase v3.0对RNA-RNA和RNA-RNA相互作用进行泛癌症分析。starBase v3.0还允许平台对miRNA、lncRNA、mRNA、伪基因等进行生存和差异表达分析,功能非常强大。


旧版的功能有这些:

新版的功能显然多了不少,当然网页设计也更漂亮:

本文则主要介绍starBase3.0的新功能。

降解组测序

针对miRNA介导的降解片段进行测序,筛选鉴定miRNA调控的靶基因的技术。所以比传统的预测miRNA靶基因的方法,降解组学的准确性更高。

starBase也给用户提供了人性化的界面,网页界面的左侧为我们提供了各种选项去筛选miRNA和基因,而点击搜索结果框中的数字可以获得结果的详细信息。

RNA-RNA

RNA的interaction包括mRNA、lncRNA、pseudogene、sncRNA、miRNA与RNA之间的interaction,用户使用界面与上面的大同小异。

RBP-Target

CLIP-seq可对RNA结合蛋白(RNA Binding Protein)与基因的结合进行高通量的筛选。

starBase除了可以根据CLIP-seq的数据进行筛选外,同时还可根据Pan-cancer的数据,筛选interaction在Pan-cancer(TCGA)中出现的次数,即在多少个肿瘤中出得到证明。

点击Pan-cancer栏的数字,可以查看在肿瘤中的详细数据情况。

RBP-Motif

这个功能模块主要展示了基于CLIP-seq搜集到的RBP的motif,同样提供了人性化的筛选栏和直观的数据细节,并提供下载。

RBP-Disease

starBase展示了来自44种组织共336种疾病中,RBP与基因中体细胞突变之间的潜在联系。点击DiseaseNum和MutationNum可查看详细信息。

Pathway

这个功能模块可让用户自行结合CLIP-seq、降解组学、Pan-cancer、miRNA靶基因预测工具(多达7个)的多维度证据预测miRNA的靶基因,并通过KEGG或GO等对靶基因的功能进行注释,其结果也可提供下载。看到这时是不是能感觉到这个在线工具背后团队的用心良苦呢?

Pan-cancer

TCGA里基因和miRNA的常规数据分析包括差异表达、生存分析、共表达。这些分析在这个网站都可以一站式网站,惊不惊喜?意不意外?

关于starBase 3.0的功能和使用就介绍到这里。我们只是优秀工具的宣传者,而真正在背后付出努力的是辛勤工作的科研工作者们,是他们为我们提供了功能强大、使用方便的好工具。

所以,如果大家用他们的工具做出了成果,发表文章时要记得引用他们的文章哦,具体的引用方法在网站主页的下方(http://starbase.sysu.edu.cn/index.php)。

投稿邮箱:tougao@helixlife.com.cn







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