转录组学

转录组小知识点收集

转录组即特定细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA。

RNA-Seq,是基于新一代测序技术的转录组学研究方法:首先提取生物样品的转录的RNA并进行mRNA富集,然后反转录为 cDNA后进行的新一代高通量测序,在此基础上进行片段的拼接组装,从而可得到一个个的转录本,进而可以形成对该生物样品当前发育状态的基因表达状况的全局了解。不同阶段或部位的生物样品的RNA-Seq转录组进行比较分析,则可以在转录层面得到基因表达水平的变化,针对关键基因则可以进行代谢通路(Pathway)的构建。

转录组(Transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA (mRNA)、核糖体RNA (rRNA)、转运RNA (tRNA)及非编码RNA (ncRNA);狭义上指所有mRNA的集合。转录组具有很强的时间和空间特性,是基因功能及结构研究的基础和出发点,掌握了生物个体基因转录水平的变化,可深入了解其生命活动特征和调控机制。通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本的基因序列信息。

链特异性文库:采用dUTP链特异性文库构建方案,确保转录本的方向性,获取更准确的定量结果。

一般而言,常见的几款二代测序仪都可进行转录样品的测序。但综合成本和测序质量而言,最常使用的测序平台Hiseq 2500测序仪。
      常用测序策略:Hiseq 2500,测序技术PE 2×100(读长100bp,双末端读取),文库插入片段180bp。

转录组建库过程中是用随机引物进行转录,还是用oligo(dT)做反转录?

常规建库采用随机引物进行反转录,如有特殊要求可采用oligo(dT)或者两种都采用。

图1:转录组建库技术路线







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