蛋白质组学

如何由已知蛋白查询其调控的基因?

如何由已知蛋白查询其调控的基因?
已知一个蛋白质,通过哪些方法可以查询其调控的基因?谢谢。

比较直接的是察看看这个蛋白是否含有与潜在的DNA结合(特别是promoter)的区域,然后做一下real time或reporter assay等验证一下,有效果就可以通过点突变等进一步验证。

如果要大范围的筛选受其调控的基因,需要microarray或者2D吧,我想。

呵呵,这个是最典型的免疫共沉淀的定义。CHIP的功能就是确定蛋白与DNA特异性结合的技术。
允许我抄一段书。或者自己去google一下吧,相信你会有收获。

染色体免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)是一种可在体内用来确定与某一特定蛋白结合或蛋白定位所在的特异性DNA序列的技术。方法程序如下图:

第一步:用甲醛在体内将DNA结合蛋白与DNA交联(DNA-bindingproteinsarecrosslinkedtoDNAwithformaldehydeinvivo.)
第二步:分离染色体(质),剪切后的DNA小片段与结合蛋白结合(Isolatethechromatin.ShearDNAalongwithboundproteinsintosmallfragments.)
第三步:用特异性抗体与DAN结合蛋白结合,用沉淀法分离复合体。反向交联操作释放出DNA,并消化蛋白质(BindantibodiesspecifictotheDNA-bindingproteintoisolatethecomplexbyprecipitation.Reversethecross-linkingtoreleasetheDNAanddigesttheproteins.)
第四步:用PCR扩增特异DNA序列,以确定是否与抗体共沉淀(UsePCRtoamplifyspecificDNAsequencestoseeiftheywereprecipitatedwiththeantibody.)染色体免疫共沉淀(Chromatinimmunoprecipitation,ChIP)是理解染色体(质)的一种***性工具,它能使我们了解染色体(质)及其相结合的因子之间的时空动态和相互作用。无论是考察单个启动子在很短时间内的变化,还是在整个人类基因组中考察某个转录因子,染色体免疫共沉淀技术都能使我们了解在自然状态下基因是如何被调控的。(ChromatinImmunoprecipitation(ChIP)isatoolthathasrevolutionizedourunderstandingofchromatin.ChIPhasallowedustodissectthespatio-temporaldynamicsandinteractionsofchromatinanditsassociatedfactors(seeFigure1forthestructureofchromatin).Whetherlookingatminute-by-minutechangesatasinglepromoter,orasingletranscriptionfactorovertheentirehumangenome,ChIPhasgivenussignificantinsightintohowgenesareregulatedintheirnaturalcontext.)一、什么是ChIP?ChIP的原理很简单:选择性富集包含某一特异性抗原的染色体(质)片段。能够识别某一蛋白或目的修饰蛋白的抗体被用来确定抗原在基因组中一处或多处的相对丰度。ChIP包括以下几个步骤:1、分离总染色体(质)(需要通过交联使目的抗原固定在染色体(质)与其结合的部位)。2、将染色体(质)切割成片段(以提高精度)。3、对切成片段的染色体(质)进行免疫沉淀。4、免疫沉淀的染色体(质)片段进行分析,确定靶DNA序列水平与其输入的染色体(质)的相对丰度。

谢谢woxingwosu和zjubell提供的帮助,呵呵。我会将建议列入实验设计。祝两位科研顺利。:)

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