蛋白质组学

几个非常有用的数据库

珠蛋白基因数据库
这是美国宾夕法尼亚大学创办的珠蛋白基因数据库网站。该网站主要提供研究与血红蛋白形成基因序列的数据与工具,其中包括天然存在的人血红蛋白突变体及其效应的信息,调节beta样珠蛋白基因的相关实验数据,以及用来作...

http://globin.cse.psu.edu/

三A类蛋白超家族数据库
这是三A类蛋白超家族数据库的网站。三A类蛋白超家族是指:与不同细胞活性相联系的ATP酶,是较早的进化发明,也是当今科学上了解比较清楚的发现,现在已经发现的有至少六个超家族三百多种成员的功能已经知道,为此很?..

http://aaa-proteins.uni-graz.at/

DNA和蛋白质相互作用数据库
这是DNA和蛋白质相互作用数据库的网站。根据意想中的多个目的,有关的数据正在收集中。比如对大肠杆菌DNA结合蛋白已证实位点与非位点进行编目,为其他大肠杆菌数据库及序列条目提供注解,解释在整个基因组中体内甲基...

http://arep.med.harvard.edu/dpinteract/

磷蛋白数据库
磷蛋白数据库网由Peter Hornbeck创建和维护,他是美国国际癌症研究所实验和计算生物学实验室图像处理分部的工作人员。该数据库主要提供磷蛋白的双向凝胶电泳图象,同时还有一个称为Flicker的JAVA程序。网站还介绍了?..

http://www.lecb.ncifcrf.gov/phosphoDB/

整合的(蛋白质)序列和结构数据库
整合的(蛋白质)序列和结构数据库由许多记录组成,每条记录包含与相应的氨基酸序列排比的基因编码序列(密码子序列),并给出相应蛋白质多肽链的结构数据。核苷酸序列来源于GenBank,结构参数取自PDB,包括多肽骨架...

http://www.protein.bio.msu.su/issd

A类G蛋白偶联受体突变数据库
GRAP数据库收集了A类G蛋白偶联受体突变数据,包含了受体与配体结合、信号传导特性等方面的详细说明信息。现在数据库中已包含从1380篇文献中收集到的10500多个突变体的相关信息,数据库每个条目包括突变受体的名称及?..

http://tinygrap.uit.no

以蛋白质-蛋白质排比为基础的折叠模式分类
蛋白质家族数据库(FSSP)包括了蛋白质数据库(PDB)中所有由30个以上氨基酸残基的蛋白质肽链。一个层次簇聚法被用于构建以全部对全部比较的结构类似性的进化树。每个数据库条目包括序列结构比对和序列同源信息。

http://www.ebi.ac.uk/dali/fssp

金属蛋白数据库和浏览器
这是金属蛋白数据库和浏览器的网站。该网站包括了的来自PDB数据库中现成的含金属位点的定量信息。该数据库包含了从几何学到分子学的信息,借助这些信息可以对位点特性组合进行分类和检索,并且可以回答诸如有多少锌?..

http://metallo.scripps.edu/

NCBI分类学主页
此网页是美国生物技术国立研究中心的分类学数据库。此库收录的物种超过55,000种。任何物种在GenBank中对应的核酸和蛋白质序列至少一条。此界面是一个分类学浏览器目录,用户可通过目录直接进入浏览资源。

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/

密码子使用数据库
密码子使用数据库是CUTG的WWW延伸版本,物种密码子使用频率可以从该网站查询。查询可以通过物种拉丁名或其子字符串搜索。每个物种密码子使用表包括密码子使用的频率(千分比)和每个密码子在物种所有CDS中使用的总数...

http://www.kazusa.or.jp/codon
蛋白质同源二级结构数据库
蛋白质同源二级结构数据库(HSSP)是以PDB中最相关的的三维结构为标记分类的蛋白质二级结构进行分类的数据库。对于数据库中的每个蛋白质结构,包括序排比的序列,二级结构,序列变异和序列轮廓。

http://www.sander.ebi.ac.uk/hssp

蛋白质结构数据库
蛋白质结构数据库(The Protein Stracture Database ,PSdb)是从PDB和NRL-3D数据库相关信息衍生而来的数据库,试图揭示蛋白质的一级序列和二级结构、三级结构的相关性。目前已登录了有1191个蛋白质。网站还提供浏览?..

http://www.psc.edu/~geigel/PSdb/PSdb.html

ProDoma蛋白质数据库
ProDom是建立在SWISS-PROT、TrEMBL数据库基础上的蛋白质结构域家族的数据库,经过自动编辑,由探查到的同源结构域组成。用户通过ProDom服务系统,可以运用BLAST,进行蛋白质结构域的同源性查询,并且可以输出蛋白质?..

http://prodes.toulouse.inra.fr/prodom/2002.1/html/home.php

CATH蛋白质结构分类数据
类型(C)、构架(A)、拓扑学(T)和同源超家族(H)数据库(CATH数据库)提供了在布鲁克黑文实验室蛋白结晶学数据库的蛋白质结构分类数据库,它是以蛋白质结构域的层次来组织的。这些层次包括类型(二级结构组成)、构架(全?..

http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath_new/index.html

蛋白质中二级结构的数据库
蛋白质二级结构构象参数数据库(DSSP)是关于蛋白质二级结构归属的数据库,包括数据库(PDB)所有蛋白质条目中的每个氨基酸的构象信息(氢键、转角、主链和侧链二面角)和对溶剂的暴露等信息。

http://www.sander.ebi.ac.uk/dssp

蛋白质结构拓扑学数据库
该站点提供了蛋白质结构的信息,允许用户对TOPS蛋白质结构数据库的结构域进行搜索。另外,用户还可以向该数据库提供蛋白质结构或结构域,并且可以递交自己的序列和TOPS或PDB数据库中的所有结构域进行比对分析。

http://www.tops.leeds.ac.uk

蛋白指纹数据库(PRIINTS)
蛋白质指纹数据库(PRIINTS)是关于蛋白质指纹的数据库,蛋白质指纹由一组保守的蛋白质模体组成,能够被用于定义某一蛋白质家族。网站提供了几种利用蛋白质同源性搜索的方法,包括BLAST, InterPro, SPRINT(搜索PRINTS?..

http://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS

核受体数据库
NucleaRDB数据库收集了核受体家族的信息,核受体是一类重要的转录调节因子。该数据库收集了核受体的以下信息:所有核受体与Swiss-Prot相应的条目,核受体同源性比对,2D结构信息,配体结合区的结构同源性比对,基因?..

http://www.gpcr.org/NR/

PATCHX数据库
PATCHX数据库是MIPSX融合数据库的一个子库。PATCHX缺少由PIR1、PIR2和PIR3派生的MIPSX条目。MIPSX包含以下数据库的信息:PIR-International PIR1,PIR2和PIR3;MIPS条目MIPSOwn,MIPSTrn和PIRMOD;PDB派生序列的NRL_...

http://www.psc.edu/general/software/packages/patchx/patchx.h...

注释和相似性数据库
PIR注释和相似性数据库包括PIR-PSD所有序列的一般使用的注释和相似性信息。对于每个条目,数据库收集了所有FASTA检测中E值小于0.0001的相似序列,其他相似特征如FASTA统计学、交叠长度、百分比相似性和匹配区域以及...

http://pir.georgetown.edu/pirwww/dbinfo/asdb.html

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