蛋白质组学

PubMed医学文献检索指南

PubMed医学文献检索服务系统,其检索内容包含MedLine,PreMedline(不含Mesh检索主题词)医学文献数据库及其他电子出版文献。

1.PubMed基本检索方式(Basic PubMed Search)

进入PubMed基本检索方式主页,在检索框中可以输入任意词,包括文献作者,出版杂志等:

键入一个或多个检索词(可以为任意词),如protein disulfide isomerase ,也可以输入缩略名如pdi等;输入多个词时,可自动识别成词组;但词数太多时,则以逻辑与的方式识别,如可以将protein disulfide isomerase识别成一个词,也有可能将其识别成“protein AND disulfide AND isomerase”尤其是出现数字等符号时不易识别成词组;
对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入: “Insight II”
以文献作者方式检索,作者名的输入格式为: 姓+名
 如输入:Freesman DJ ,其中“姓”为全称,“名”则为首字母简写形式( “名”可以省略);

键入的杂志名称可以是全名,也可以是杂志名的MedLine缩写格式
或ISSN杂志号(见期刊浏览)。
检索时可在词尾加“*”号检索所有具有同样词头的词。如键入:biolog* 可查得biology或biological等词。
  PubMed可将多个词以词组形式查询,对PubMed不能识别检索的词组,需加引号强调,如键入:

“Insight II”

将识别成词组“Insight II”以方式查询,若键入:

Insight II

则有可能分开识别成“Insight” 和“II”两个词,以逻辑与“Insight AND II”的方式进行检索。

词与词间可用AND、OR或NOT逻辑进行连词检索。

键入检索词后,别忘了选择检索年限(30天,10年不等)及选择文献的页面显示数目。

按Enter回车键或鼠标击话界面中的“Search”按钮可得到查询文献提要(document summary page)。

2.PubMed高级检索方式 (Advanced Search)

  与基本检索方式不同的是增加了检索范围(search fields).和检索模式(search mode)的选择框。

在检索范围 Search Fields 选择条框中,包含了

All fields[ALL],指PubMed所有检索范围;

Affiliation[AD,AFFL],指联系地址,包含第一作者(主要作者,Primary author)或其他作者的研究所和联系地址;

Author Name[AU,AUTH],包含文章的所有作者,格式为“姓+名(首字母大写)”;

E.C. Number[RN,ECNO],指酶学委员会统一规定的对每一个酶的特定的编号,同时也包括CAS登记号;

Journal Title[TA,JOUR] 指文献出版杂志的名称;

Language [LA,LANG]指文献语种;

MeSH Major Topic[MAJR] 包含MEDLINE检索系统认为最重要的MeSH医学主题词表;

MeSH Terms[MH,MESH], 包含所有用来检索MELINE的医学主题词(Medical Subject Headings);

Modification Date[MDAT],指文献收入PubMed的日期(年-月-日,如97-Jul-26);

Page Number[PAGE]指文献在杂志中的起始页;

Publication Date[DP,PDAT],指文章出版日期(年-月-日);

Substance[NM,SUBS],指与文献相关的化学物质在化学文摘检索(Chemical Abstract Service, CAS)中登记的名字和在MEDLINE库中的物质名称;

Text words[TW,WORD],包括文章标题目,摘要中出现的所有述词以及MeSh词表和化学物质名称中的个别词;

Title words[TI,TITL],仅包括文献记录标题中的词;

Volume[VI,VOL] 指文献所在杂志的出版卷次;

Medline ID[UI,MUID]指MedLine给每条引录文献的特定标识号;

PubMed ID[PMID]指PubMed给每条引录文献的特定标识号。

最好采用Entrez检索系统作进一步精细查询

  在检索模式(Search Mode)选择框中,包含自动检索累计(Automatic)和检索词列表(List Terms)检索模式:

“Automatic”模式:

将对检索框中键入的词按逻辑与(AND)的方式检索,不仅自动显示检索到的符合文献数,而且在“修写当前查询内容(Modify Current Query)”显示框中分别显示单个词的累计文献数。可进行查询修改,以逻辑或(OR)、逻辑否(NOT,BUTNOT)等方式检索。亦可在“添加限制查询述词(Add Terms to Query)”的栏目中键入其他限制述词。

  “List terms”检索词列表式检索:

  在检索框中键入一个或多个文本述词(text words)、关键词(key words)或文章作者,将检索到所有以给定词开头的词或词组的文献数目。选定其中的词或滚动条框框外词(scroll list up/down)作进一步的检索结果显示,选择多个词的话,则会显示各个词相应的文献数累加结果。显示检索数目后,与“Automatic”模式一样,可作“增添限制述词检索(Add Terms to Query)”或“修改当前检索内容(Modify Current Query)”。

显示检索文献 (Retrieving Documents)

  当检索结果的文献数目较少,且能满足需要时,按“Retrieve(检索)”按钮即显示检索到的文献内容列表,包括文献的标题(title),作者(author)及出版杂志、页码及日期(年),这个列表称为文献摘引列表(Document Summary Page)。

可根据需要显示详细内容,每条文献均有好几种显示格式:

①Citation report(引录格式)包含引录杂志,文章标题,作者联系地址,摘要,MeSh词,化学物质规范名,以及MedLine和PubMed特定标识号。

②Abstract report(摘要格式)包含引录杂志,标题,作者,地址或联系处以及摘要。

③MEDLINE report(MEDLINE经典格式)可用来下载并收入目录型数据库(bibliographic database)。

④ASN.1 report (ASN.1格式) 指文献整个的结构格式,显示相关蛋白质或核苷酸的相关文献。

在某些文献还能连接到提供全文的杂志。

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