蛋白质组学

Protein Lounge数据库简介

Protein Lounge数据库

Protein Lounge是系统生物学领域中的领先者。为了帮助生命科学工作者更好的理解系统生物学的复杂性,Protein Lounge已经开发了多个基于互联网的数据库和生物工具软件。系统生物学关注探索细胞间网络以及蛋白质相互作用(包括信号传导,细胞存活和细胞凋亡的机制)其目的是为了更好的发展和鉴别对不同疾病的药物选择。在后基因组时代,基因和蛋白质数据的组织是生命科学工作者最关注的问题之一,Protein Lounge通过把所有关于基因/蛋白质必需的数据统一组织在一起的方式解决了生命科学工作者的这种忧虑。

Protein Lounge通过首创一个完整的siRNA靶向数据库,组织完善的肽抗原靶向数据库和磷酸激酶数据库,创造性的完成了对复杂生物资料的分析; Protein Lounge还开发了最大的信号传导途径数据库(附有精美详细的彩图),该数据库还可以与Protein Lounge详尽的蛋白质数据库以及在线基因/蛋白质分析工具交互连接。

总之,Protein Lounge拥有丰富详实而且通俗易懂的关于蛋白质的信息,为生命科学工作者以及学生提供了一个理想的科研辅助平台。

Protein Lounge包括10个数据库和7个生物学工具以及1个个性化的工具。

一、Protein lounge包含的数据库:(10个)

1、途径数据库:是目前全球最大的关于信号传导和代谢途径信息的集合体。所有传导途径均有全面的和详细的蛋白质信息,而每一步传导途径中的蛋白质都有与其对应的相关信息。对研究人员来说,该数据库是了解细胞信号传导机制的基础,同时也是科研的必备工具。

2、G蛋白偶联受体数据库:信号传导中起重要生理作用的G蛋白偶联受体的信息库。

3、siRNA数据库:该数据库包括了众多生物种属中所有已知mRNA序列的siRNA靶位,并按照siRNA干扰对象(激酶、磷酸酯酶、转录因子和疾病相关基因)来组织数据。数据库中所有siRNA靶位均可以与Protein Lounge的siRNA在线设计工具链接。

4、肽抗原数据库:该数据库包含了众多生物种属中已知蛋白质序列的抗原性肽,按照激酶、磷酸酯酶、转录因子以及疾病相关基因的抗原性区域来组织数据。所有的抗原性肽均可以和Protein Lounge的在线蛋白质水合性分析设计工具链接。

5、蛋白质间作用数据库:该数据库的开发是为了帮助研究人员了解发生在细胞内蛋白质间的相互作用,列举了数千条人体蛋白质间的相互作用。使用该数据库可以在研究某种蛋白质的基础上进一步研究其可以激活、抑制以及与之相结合的其他的所有蛋白质。

6、磷酸激酶数据库:是一个按照其作用底物来组织的关于蛋白激酶与磷酸酯酶信息的数据库,该库可通过蛋白激酶、磷酸酯酶或者底物来查询。

7、转录因子数据库:包含各种转录因子的必需信息,如分类、机能、DNA序列、域结构、结构、与其它蛋白质间相互作用、同系成员以及在特定疾病中的作用。

8、疾病相关基因数据库:包含数百种与疾病相关的基因。用户可以通过疾病名称检索基因同时了解该基因的信息或者通过基因名称来检索同时了解与该基因相关的疾病信息。

9、生化化合物数据库:包含那些参与体内细胞信号传导、生物合成以及新陈代谢的重要化合物的信息;库中预置了大量的数据,包括化合物的别名、反应、疾病说明和相应的代谢途径。

10、蛋白质数据库:包含了所有蛋白质的必需信息,包括基本参数、简评、参与的信号传导途径、与之有关的疾病、蛋白质序列、相关文献等等。

二、7个Protein Lounge 生物学研究工具:

1、Pathways Builder Tool可以安装到电脑上免费使用,该工具中预置了许多细胞、器官、细胞膜以及别的一些在各种途径中必需的结构模版,可以帮助使用者设计传导及代谢的途径;使用者也可以更改数据库中内置的模版来适合自己的需求;同时Pathway Builder Tool还是一个帮助您设计精美文章插图的理想工具。

2、Protein Hydroplotter可以让使用者直观的观察到蛋白质序列中的亲水区与疏水区,并进行分析

3、Peptide Finder这个工具的目的是在一段蛋白质序列中发现最好的肽抗原。为了找到最可能有效的肽作为抗体或者药物的靶点,蛋白质序列中的亲水区将被遮蔽

4、Easy siRNA为发现siRNA靶序列以及在线克隆它们提供了一种有效方法,这个工具是建立在Tuschl法则基础上的。

5、Clone Easy提供了一个简单而富有成效的在线设计PCR实验的工具。使用者可以自己输入一段序列或者从Protein Lounge数据库中内置的载体与酶中选择一段序列来设计引物或者自己所需的序列。

6、Protein Vision是一个在线演示蛋白质3D结构的可视化工具。研究人员从Protein Lounge数据库中选择相应的蛋白质,可以从不同角度观察它的线状与分子立体结构图。

7、Clean Compare是一个比较DNA和蛋白质序列的在线工具,其最大的优点在于能够和Protein Lounge的其他数据库相互链接。

三、1个个性化工具

LabBook允许用户保存自己的检索结果,如自己感兴趣的一些代谢传导途径,某些序列的分析结果等等。

访问网址:http://www.proteinlounge.com/

:P:P
很好的网站,我对其中的pathway builder tool特别感兴趣,画细胞信号转导通路即快捷又漂亮,可惜只有试用版。

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