蛋白质组学

质谱结果分析过程中的问题

上周送了一个考染的蛋白质点做PMF质谱鉴定,我自认为点取准了,质谱的蛋白量足够,可公司的人说我送去的样品太少,PMF做不出来,但是可以做MALDI-TOF-TOF。
没办法,做了一个月的实验不能白做吧!狠下心多加了200元做了MALDI-TOF-TOF。(鉴定一个蛋白质的钱可以买一台三星的17寸显示器了)
结果如下:
Accession Mass Score Description

1. gi|34903780 51933 67 unnamed protein product [Oryza sativa (japonica cultivar-group)]
2. gi|14626289 23564 46 hypothetical protein [Oryza sativa (japonica cultivar-group)]
3. gi|37536824 58734 39 unknown protein [Oryza sativa (japonica cultivar-group)]

Score is -10*Log(P), where P is the probability that the observed match is a random event.
Protein scores greater than 55 are significant (p<0.05).

Search Parameters
Type of search : MS/MS Ion Search
Enzyme : Trypsin
Variable modifications : Carbamidomethyl (C),Oxidation (M),Pyro-glu (N-term E)
Mass values : MONOISOTOPIC
Protein Mass : Unrestricted
Peptide Mass Tolerance : ± 0.15 Da
Fragment Mass Tolerance: ± 0.4 Da
Max Missed Cleavages : 1
Instrument type : MALDI-TOF-TOF
Query1 (904.49,1+) : MaldiWellID: 13432, SpectrumID: 35340,
Query2 (1296.74,1+) : MaldiWellID: 13432, SpectrumID: 35338,
Query3 (1570.74,1+) : MaldiWellID: 13432, SpectrumID: 35339,

这看起来很正常,可是问题在于我给他们送去的蛋白质点的相对分子量在20KDa左右(第二向点了低分子量标准蛋白),而他们给我鉴定出来的蛋白分子量有51933!
我觉得不对,就打电话问他们的技术员,她说可能是样品蛋白发生断裂了。
但是我是提了3次样品,跑了六块胶才确定下来的差异点,怎么可能三次都发生断裂了?
做质谱的大侠,请指教!!!

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