蛋白质组学

DIGE差异凝胶电泳相关资料贴

Difference Gel Electrophoresis (DIGE)即差异凝胶电泳是目前2D领域相当热门的一项技术,可以说它的出现消除了传统双向的一些弊端,使得好多实验室对双向重拾信心:P

先简要介绍一下DIGE技术的历史和路线。DIGE技术最早在1997年由Jon Minden实验室提出,后来Amresham成为此项技术的主要推动者,其技术路线是将样品在电泳前标记Cy2、Cy3 和Cy5 这3 种荧光染料(其中Cy2 作为用Cy3、Cy5 标记的蛋白质内标, 用以比较数据库中各个胶之间的蛋白质的量的差异),然后将标记后的3 种样品混合, 同时在一块胶上进行电泳。所得到的2D 胶图像可使用3 种不同的激发P发射过滤器得到不同颜色荧光信号,根据这些信号的比例来判断样品之间蛋白质的差异,这样可避免在匹配时出现的误差,进行定量分析时也不依赖于胶与胶之间的重复性。用于标记的荧光基团在化学结构上相似,分子量也基本相同,都带有正电荷,所以在与赖氨酸残基反应时,保证了所有的样品可以移至相同的位置。该方法的灵敏度可与银染和SYPRO Ruby 相媲美,可以检测到100~200pg 的蛋白质,线形动态范围在5个数量级左右。该方法也提高了定量上的准确性。由于实验方法本身造成的蛋白质斑点强度的差异,比如样品在进入胶条时会有一些样品损失,但在同一块差异凝胶电泳胶上就不会出现这样的差异。DIGE 可在同一次检测中通过分析单一胶上的相互覆盖的信息来得到蛋白质的信息,可以同时在一块胶上在相同电泳条件下分离2~3 个样品,大大减少了一个实验需要的胶的总数。

虽然从理论上来说,该方法非常诱人, 但DIGE 本身还有很多技术上的问题。主要的问题在于:
1) 只有当约1 %~2 %的蛋白质的赖氨酸残基在荧光标记时修饰,才可以维持被标记的蛋白在电泳时的溶解性;
2) 在DIGE 染色中丢失的蛋白质基本确定为样品中的低丰度蛋白;
3) 虽然经染色后在电荷上未发生变化,被染料标记的蛋白质比未标记的蛋白质点向大分子方向有轻微迁移,主要是由于荧光团的加入(500Da左右)使得在标记的和未标记蛋白之间产生95%的误差, 之后在质谱分析时产生更多的复杂问题。
4) 另一个值得注意的影响灵敏度的问题是荧光物质在激发P发射过程中会出现信号的相互干扰,引发Cy3 的激发波长有时可引起Cy5 标记的蛋白发射。
(以上内容部分摘自国外医学卫生学分册2004年第31卷第1期姜楠文章)

小弟因为最近在写一个相关的proposal,就顺手把手边的资料整理一下抛砖引玉,供各位有兴趣的同志参考,希望各位能踊跃讨论。版面上之前有过一些讨论,主要集中在以下两贴:
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=1447244&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=1826554&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0

I. 实验手册部分

DIGE操作手册
DeCyder软件操作手册

II. 幻灯课件部分

英国国立生物标准与控制学院Jun Wheeler博士课件
美国卡耐基研究所王智勇博士ppt(感谢czlong2008兄提供)
关于DIGE和ICAT技术的介绍和比较

III. 参考文献部分

一篇关于DIGE基本知识入门的minireview
发表在PNAS上的一篇DIGE实验文献
2002年发表在MCP上的一篇寻找癌症标志蛋白的文章
Amersham公司科学家2003年发表在Proteomics的文献

IV. 相关链接

Amersham的DIGE官方网站

(0)

热评文章

发表评论