蛋白质组学

SELDI-TOF 主题“公园”

关于这个主题想了很久,联想到篮球公园,因拟此题。

想了很多方面,总觉得还是大点好,这样可以容纳更多观众与选手,呐喊、助威,才能畅所欲言,充分享受自由的空间,否则就像我们的宿舍一样狭小,大家都不愿意呆,就是回去了,也就是睡觉(不说话,哈哈)

SELDI的出现,也就一、两年的事情,现在还没有人去关心他的原创,就像MALDI在它没被大家接受并被证明是蛋白质分析领域强有力的工具之前,没有人关心田中耕一一样。

在基因组学取得巨大成功之后,很多生物学基础与应用领域都与“大规模”成为裙带关系,蛋白质组学出现之后,人们迫切需要对传统的蛋白质分析领域进行重组,升华,形成规模,单个蛋白质一个一个、慢慢地去分析,显然已不能满足生命科学快速发展地需要,而且大家也有这样一个认同的趋势——生命现象可能不能用某一种现象,某一种物质,某一种等等去解释、去阐明,可能需要一种全新的视角,"think in model".

基于这样的背景,SELDI的出现之初就与“大规模”紧密联系在一起,投资之多(无论是仪器还是风险),参与人员之多(需要各色人等,生物学家,各种技术人员,临床相关人员等),交叉学科之多(生物、医学、生物信息学,特别是理论数学等),令人兴奋哉,期盼哉!

关于SELDI的利与弊,暂且不论(存在即合理)。现在科学发展的速度可以说惊人,尤其是生物学的发展,日新月异,许多多年前的书本知识,可能如同 铁达尼号,沉入海底。

速度加快是好事,但发展底方向就显得尤为重要。如同航海,速度慢时,方向的修正不是很困难,但速度快时,尤其不在一个数量级时,远方的“灯塔作用”显得尤为重要,不然,不仅方向修正困难,而且需多次修正(修正次数太少,可能会翻船,停在那儿永远找不到方向,达不到目的,用多边形解释可能比较形象,呵呵),哈哈,以上讲的有点远,无妨,要得就是遐思!

其实SELDI可能是个“中间产物”,可能以后会被新的技术替代,但他的作用在于提示大家:蛋白质也可以大规模分析,也可以从成千上万单独的分析中提供有效有用的网络的信息(像基因组一样,当然也可能不一样)。

对蛋白质组学的发展和其技术很了解的人应该知道,蛋白质组学中,现在的技术很难真正意义上说“大规模”,除了MALDI TOF-TOF和2-D LC ESI TRAP有些突破外,二者在“大规模”上都有其“死穴”,前者涉及的是maldi的原理,它可以说是单点式的,后者是因其载量的限制(当然理论上可以,增加柱的体积,提高上样量,但这受到质谱扫描速度的限制,这是电子学的范畴;况且,柱的体积越大,相对来说,分辨率就越低),而SELDI 的出发点就是面的概念,就是“大规模”,讲求扫描阅读(使我想起了阅读的方式),这是最大的亮点,赢在概念上,可能具体技术会被替代、淘汰,但它的概念就是突破,至于出来“成片成片”的数据怎样处理,是否有效,怎样抽提与筛选,那已经是另外一回事了。

"think in model",我个人认为说的太好了,这是我两天前听得一个博士生的一句话,很跨越,很突破,可以说系统生物学的雏形正在形成(哈哈,有人来了,打搅了我得思路,哈哈,我是坐在床上写的。关于这个主题想了很久,联想到篮球公园,因拟此题。
未完,待续!谢谢大家!

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