蛋白质组学

通过预计算的比对结果确定CNS

通过预计算的比对结果确定CNS
 
    运用预计算全基因组比对的结果揭示保守区域比用户自己进行序列比对分析更快速.且准确性高。几种相关的工具可以实现这个目的。VISTABrowser(http://pipeline.1b1.gov/cgi―bin/gateway2)可以让用户检查全基因组装配子的预计算比对结果,并可以是一对一和多序列比对。这个工具与UCSC Genome Browser紧密连接。浏览全基因组比对时,只要选择一个基础基因组,然后输入一个RefSeq基因名称或这个基因组中一个位置(如chrX:1―100000)。应注意的是,为了利用这个浏览器,Java 2一定要安装在计算机上。这个工具可以允许用户移动、缩放和分析基因组比对结果。用户可以选择或去选择单个的生物体,缩放高保守区域,或直接转到UCSC浏览器上。用户还可以直接利用rVISTA进行转录因子结合位点分析,点击“i"(alignment details)可以产生新的页面,所有一对一比对和rVISTA分析连接都呈现在上面。
 
    ECR Brower(http://ecrbrowser.dcode.org/)是一个动态的全基因组浏览工具,用以研究和可视化脊椎动物基因组进化关系以及分析序列保守谱。在使用ECR Brower中,选择一个参照基因组,确定基因的名称或染色体位置(chrl:from-to格式)。进化保守区域在图形上以不同颜色的峰值表示。
 
    用X轴表示在参照基因组中的位置,Y轴表示在那个特殊位置中参照基因组和比对序列的同源性。ECR用不同的颜色来表示参照基因组中序列的特性,从而允许用户可视化地区分编码外显子(蓝色)、非转录区域(UTR,黄色)和非编码元件(基因间为红色,在内含子内为粉红色)相关的ECR,在绘图中底部轴上绿色条显示参照基因组中的重复元件的位置,在绘图的顶部注释以灰色标记,注释的基因在图形的上端用平行的蓝色线描述。
 
    除此以外,还有些特征可以在ECR Brower窗口的顶端通过命令行来使用,“Base Genome”让用户快速选择不同的物种作为参照基因组。在"Browser Settings",用户可以自行选择展示内容,如物种选择、图像类型、层次的数目和高度,以及检测ECR的严格度。“High light core ECRs"在350 bp宽的窗口中仅展示那些至少具77%保守的ECR。“ECR”“展示在基因组区域和所有序列中确立的ECR。“DNA"产生一个含有参照基因组全序列的FASTA格式的文件。用户也可以通过"Synteny/Alignments"得到其他物种的"syntenic区域/序列”。“SNP"列出在单个的ECR中所有的单核苷酸多态性。


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