蛋白质组学

获得感兴趣基因的最全面信息的方法

获得感兴趣基因的最全面信息的方法
 
    当拿到一个新的基因时,怎样得到与此基因相关的最全面的信息,如cDNA序列、基因组组成、蛋白质功能域及结构、定位、表达和功能。以下的几个工具可以为研究人员提供相关的信息。
 
    EMBL的Bioinformatic Harvester(http://harvester.embl.de/)是一个与此相关的工具,它在一个页面上提供来源于整合的浏览工具和数据库(如SOURCE、Ensembl、BLAST、STRING和NCBI Entrez等)的信息,同时还可连接到其他的数据库,如IHOP、H―Inv、UniGene等。这是通过展示数据库中相关的匹配热点(hits)来完成的,这些匹配热点含有丰富的图形信息,称作内嵌框架(iframes)。内嵌框架提供给用户来源于原有数据库服务器中的最新信息。
 
    Entrez Gene是Entrez数据库中的一个,它将替代被广泛使用的LoeusLink数据库。Entrez Gene整合了来源于Locus Link和从完整的基因组序列中根据参考序列注释的基因。用户可以根据名称、符号、序列号、GO术语、染色体数目、发表的文章及酶编号等与基因及其编码产物相关的特性来进行检索。因为EntrezGene是一个Entrez的数据库,因此Entrez系统中相关的有用功能全部可以使用,包括Preview/Index、History和LinkOut。
 
    Stanford Online Universal Resourcefor Clonesand ESTs(SOURCE)来源于整合了几个公共数据库的信息,包括UniGene、dbEST、Swiss―Prot、GeneMap99、RHdb、Gene Cards和Locus Link,用户可以通过Gen Bank IDs、Locus Link IDs、Uni Gene ID、基因名称等进行检索。输出的结果包含有很多的信息以及对感兴趣基因的简要描述。所有重要的数据整合的连接(如Locus Link或Gene Card)及基因表达数据,可以连接到相关已发表的基因芯片表达数据。但并不是所有的SMD(斯坦福芯片数据库)数据能够通过SOURCE进行检索,SOURCE Batch Search是批量查询的界面,用户可以利用各种不同的ID来进行检索,具体操作可参照相关网页上的说明。
 
    上述的UCSC Gene Sorter同样可以应用到这个方面,此外,Gene Cards数据库还包含了人类基因及其产物,以及相关的疾病信息。此数据库除了提供所有HUGO公认的人类基因功能的简约信息外,还包括一些其他选择的基因信息。GeneCards能通过基因符号或关键词来进行搜寻,输出的结果包括相关的序列、SNP、医学新闻、各种失调症和变异,还可连接到其他数据库系统,如UCSC、Ensembl、PubMed、基因表达数据等。同样,通过H―InvDB、GeneLynx等数据库系统可以查询相关的信息。


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