蛋白质组学

蛋白质相互作用的生物信息学研究

蛋白质相互作用的生物信息学研究
 
    蛋白质是生命活动的体现者,但蛋白质不是孤立地存在于细胞中,而是通过蛋白质相互作用形成复合体.完成各种生命活动。因此。蛋白质相互作用在生命细胞中起核心作用,不仅是正常生理过程如DNA复制、转录、酶调节的代谢、信号转导以及细胞周期控制的基础,在病理过程中也起着重要的作用。蛋白质相互作用不仅为研究未知蛋-白质的生物学功能提供了线索,也为充分了解一个细胞或一个生物途径的生物学机制,提供了必要的信息。
 
    随着实验手段的快速发展,特别是高通量鉴定蛋白质及其相互作用实验方法的采用,如酵母双杂交、亲和分离(affinity purification)等方法的使用,蛋白质相互作用实验数据的不断增加,蛋白质相互作用的数据库应运而生。如DIP、BIND等。蛋白质相互作用的数据库不仅仅是对相互作用蛋白质对的列表,而且还包括了一些相关的注释信息和附加证据等。对于蛋白质相互作用的研究,除了实验手段的应用外,生物信息学还提供了一条非常具有实用价值的途径。生物信息学在蛋白质相互作用的应用体现在两大方面:一方面可以预测潜在蛋白质的相互作用,为实验提供重要的线索;另一方面,可以对实验结果进行分析并评估其可靠性。   
 
    到目前为止,以真核生物的酵母作为模式生物,已积累了大量相关蛋白质相互作用的数据,其中通过酵母双杂交手段已检测了酵母细胞以及果蝇、线虫等生物体细胞中的4 000多个蛋白质的相互作用,这些实验结果为生物信息学预测新的蛋白质的相互作用提供了重要的信息。蛋白质相互作用的预测有多种方法,主要的出发点是蛋白质的结构或序列,以下介绍几个主要的方法。


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