蛋白质组学

2D-PAGE实例分析(2D Troubleshooting) 和超强技术支持,有问题只管问

由于大型串联质谱的飞速发展, 双向电泳目前已经逐渐让位给其他的各种非胶系统分析手段,但是双向电泳在很长一段时间内仍然会是我们在蛋白质组学领域中不可缺少的一种分析手段。 这个专题希望能够给大家在2D中遇到的一些问题提供一个快速索引,并且共同讨论您在2D中遇到的问题及解决方案!

个人进入蛋白质组学领域也有6-7年的时间了, 对于双向电泳技术,从最开始的花篮式电泳到2D-IPG-PAGE, 再到现在的2D-DIGE技术都比较熟悉。 使用过安玛西亚和伯乐的1向和2向(包括13cm,18cm和24cm的6胶系统), 图像分析软件PDQUEST, IMAGEMASTER, 以及PE配套的PROTEIN2000,GE的TYPHOON配套的DECYDER分析软件。质谱主要接触过MALDI-TOF, MALDI-TOF/TOF, Q-TOF, LC MS/MS。

这个专题主要是一个译本,来自于2D Principles and Methods Handbook中的Trouble shooting部分, 由原安玛西亚公司, 现在的通用生物公司提供的, 我觉得对我在2D中遇到问题时候找出原因非常有用,而园子里所提供的无论是这个版本的中文版还是BIO-RAD的2D指南都没有这个部分的翻译,或者说有少量翻译但是却没有配图片,使得大家同样无法对号入座的来查找自己的电泳中遇到的问题。加上这段时间发现仍然有很多战友在使用2D这项技术,并且将自己的2D图谱发上来探讨, 所以萌生了重新翻译并且配上图片和自己的点评的念头。如有错误或者分析的不好的地方望各位战友不吝指出,谢谢!

OK, 首先我们来看一张漂亮的双向电泳图, 来自于“电泳皇后” Angelika Görg(左下角是与Görg教授在HUPO ANUAL WORLD CONGRESS 上的合影, 为了不迷倒DXY的MM, 把自己的脸模糊处理了,^_^)

http://www.wzw.tum.de/proteomik/ (Görg实验室的主页, 有大量2D相关资料)

这个专题的后续, 有更多的2D实例
【专题讨论】2D PAGE 实例分析(2D Troubleshooting) 第二波: 从样本制备到结果分析
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=12245427&sty=1

园子中近期的一些实例分析

IEF主动水化和被动水化的区别
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11893724&sty=1
浓缩胶和分离胶的作用
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11795964&sty=3
杂质干扰
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11589780&sty=1&tpg=1&age=0
高分子量区蛋白总是很难看
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11402562&sty=1&tpg=2&age=0
高分子部分横纹
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11332237&sty=1&tpg=2&age=0
上样量过多
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11763282&sty=1&tpg=1&age=0
蛋白质不进胶
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11845732&sty=1
碱性端条纹
http://www.dxy.cn/bbs/thread/11812426
2D之后各种染色方法的灵敏度,动态范围和质谱兼容性
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=11841697&sty=3

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