蛋白质组学

Western Blot详解-常见的问题指南(三)

 

6. 染色的选择

OO. Western Blot哪种染色好?
解答:(1)阴离子染料是最常用的,特别是氨基黑,脱色快,背景低检测极限可达到1.5μg,考马虽然与氨基黑有相同的灵敏度,但脱色慢,背景高。丽春红S和快绿在检测后容易从蛋白质中除去 ,以便进行随后的氨基酸分析。缺点是:溶剂系统的甲醇会引起硝化纤维素膜的 皱缩或破坏。不能用语正电贺的膜。灵敏度低。
(2)胶体金,灵敏度高,检测范围可到pg级,但染色比稳定。
(3)生物素化灵敏度位于1、2之间,可用于任何一种膜。

7. 参照的疑问

PP. 是否Western Blot实验半定量一定要加ACTIN内参?
解答:对于发表文章的实验最好加内参,实验严谨。

QQ. 用BANDSCAN分析结果行吗?
解答:分析一般的结果没问题。

RR. 核内抗原Western Blot内参选择什么合适?
解答:可以选用组蛋白,组蛋白在细胞核中的表达是很稳定的,有很多都可以当成内参,在网上查查就可以选出你要的内参。

SS. 转膜时采用电流是否比电压准确,是否根据0.8mA/cm2,一般1小时左右?
解答:不是的, 半干法推荐用恒流,一般根据目的蛋白的大小来确定电流和时间。

TT. 做半定量人卵巢癌细胞系的Western Blot,内参B-actin,GAPDH,那个好?
解答:选用beta-actin就可以。

8. 缓冲液配方的常见问题

UU. 转膜后的脱脂奶粉封闭时,所用的防沫剂A是什么?还有Tris-HCl是不是就是用Tris和盐酸配出来的呢?
解答:转膜后的脱脂奶粉封闭液是5%的TBST脱脂奶粉。Tris-HCl就是Tris盐用HCl调ph值,配置而成。

VV. 准备做大鼠脑子的Western Blot,蛋白质位于细胞核中,请问此蛋白质的提取液及操作方法是?每一步都必须要低温吗?这种蛋白质是磷酸化的蛋白质,操作时如何防止去磷酸化的发生?
解答:可以用提取总蛋白的buffer提核蛋白,可以加NaF防止去磷酸化。

WW. 想问一下细胞裂解液选择蛋白酶抑制剂时有什么原则吗?受不受组织来源的影响?胞膜和胞浆有区别吗?
解答:一般来说提取时加入光谱的蛋白酶抑制剂就可以了,操作时保持低温。除非有文献特别指明用特殊的方法,一般来说都没有区别。

XX. 最近作了两次Western Blot,不但没阳性结果,显色背景都没有,电泳和转膜都染过,有条带。底片和显色液及DAB显色液均试过,没问题。1、检测GAD--分子量67kd,提取液有蔗糖,其余同三去污裂解液。蔗糖不会有影响把?样本--20度放置一周内测。2、一抗放置2年,可能效价不高!用的是 1:100。如果是一抗的原因,不会背景都没有把?3、第一次有不均匀背景,因为一抗过夜时密封袋不均匀。后两次无背景显色。4、封闭液用的是含15%脱脂奶粉TBST,漂洗液用的是含1%BSA的TBST液,TWEEN-20为 0.1%,不会是封闭液的问题吧?
解答:可以在下面几个问题上找找原因。1. 封闭液用5%Milk,漂洗液(washing buffer 用TBST)2. 看看一抗是否能work,降到1:20。3. 看看二抗是否有问题。

YY. 加甲醇的目的是什么?
解答:加甲醇起着一定的固定作用,因为小分子蛋白质容易转出去.(特别是在硝酸纤维素膜上,因为NC膜结合蛋白质的能力较弱)。

ZZ. “转膜后的脱脂奶粉封闭液是5%的TBST脱脂奶粉”,其中TBST最后那个T是Tween吗,浓度多大?
解答:是Tween,配方如下:Tris-Buffered Saline Tween-20 (TBST), Dissolve 8.8g of NaCl, 0.2g of KCl, and 3g of Tris base in 800ml of distilled H2O, Add 500ul of Tween-20, Adjust the pH to 7.4 with HCl, Add distilled H2O to 1L, Sterilize by autoclaving.

 

AAA. 封闭,一抗,二抗时的温度有没有什么规定呢,比如现在我就在室温里做,或者要在4度下?
解答:均可在室温进行,如果时间不够,一抗孵育可以先在室温进行一个小时,然后4度过夜。

BBB. 实验室暂无NP40我用sds可以吗?另外有过用尿素和硫脲提取膜蛋白吗?配方如下:7M 尿素,2M 硫脲,Triton-x-100 0.2ml,新鲜加入:65mM DTT
蛋白酶抑制剂:试剂盒HaltTM Protease inhibitor cocktail kit 1%(v/v)
是用于抽提双向电泳用蛋白的配方。不止用于抽提细胞全蛋白(主要是想得到其中的膜蛋白)是否可行?
改良的RIPA裂解缓冲液(Tris.HCl, 50 mmol/L, pH 7.5; NaCl, 150 mmol/L; NP-40,1%; 脱氧胆酸钠, 0.5%; SDS, 0.1%; EDTA, 1 mmol/L; PMSF, 1 mmol/L; Leupeptin, 2 μg/ml)不知对于膜蛋白效果如何?此外该方中的EDTA, 是否用做蛋白酶抑制剂?
解答:做2-D绝对不推荐使用NP-40(因为即使进口的NP-40也不纯,,其中的杂质会影响质谱结果)。对于动物细胞,其蛋白酶活性较弱(相对于组织和大肠杆菌等),可以不使用cocktail,因为7M尿素+2M硫脲+4%CHAPS构成的变性环境已经足以抑制大部分蛋白酶的活性,2M硫脲+4%CHAPS对于抽提膜蛋白有很大的帮助,不过如果您专职做膜蛋白建议采用分级抽提法。此外还可以采用梯度离心法和一些基于去垢剂的方法。EDTA用于灭活金属蛋白酶(主要是其鏊合作用)。加过多的蛋白酶抑制剂可以导致蛋白质的修饰,做WB无所谓,做MAILDI时会给正确鉴定带来麻烦。裂解缓冲液中少了两性电解质(在2-D裂解缓冲液中,两性电解质起的作用:提供连续的PH梯度,从很大程度上增加蛋白质的溶解性;还可以去除一部分核酸);也不推荐采用SDS,因SDS会与蛋白质结合导致其等电点发生改变,如果您实在要用,终浓度降到0.1%以下。

 

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