蛋白质组学

Western Blot详解-常见的问题指南(二)

 

4. 滤纸、胶和膜的问题

X. NC膜\ PVDF膜\ 尼龙膜怎样鉴别?
解答:尼龙膜是较理想的核酸固相支持物,有多种类型;硝酸纤维素膜是目前应用最广的一种固相支持物,价格最便宜;PVDF膜介于二者之间。
就结合能力而言:尼龙膜结合DNA和RNA能力可达480-600μg/cm2,可结合短至10bp的核酸片段;硝酸纤维素膜结合DNA和RNA能力可达80-100μg/cm2,对于200bp的核酸片段结合能力不强;PVDF膜结合DNA和RNA能力可达125-300μg/cm2。
就温度适应性而言:尼龙膜经烘烤或紫外线照射后,核酸中的部分嘧啶碱基可与膜上的正电荷结合;硝酸纤维素膜依靠疏水性相互作用结合DNA,结合不牢固;PVDF膜结合牢固,耐高温,特别适合于蛋白印迹。
就韧性而言:尼龙膜较强;硝酸纤维素膜较脆,易破碎;PVDF膜较强。
就重复性而言:尼龙膜可反复用于分子杂交,杂交后,探针分子可经碱变性被洗脱下来;硝酸纤维素膜不能重复使用;PVDF膜可以重复使用。

Y. 在做Western Blot时,PBDF膜用甲醇浸泡的目的?
解答:PVDF膜用甲醇泡的目的是为了活化PVDF膜上面的正电基团,使它更容易跟带负电的蛋白质结合,做小分子的蛋白转移时多加甲醇也是这个目的。

Z. 检测磷酸化的JNK 和非磷酸化的JNK可以在同一张膜上吗?
解答:可以。

 

AA. 转膜后经丽春红染色的条带,为什么大蛋白分子的一端(即点样空的一侧)的转膜好象不是很好,为什么?
解答:这是正常的,大分子的蛋白转移的慢, 你延长转移时间和电流,大分子一端就会好的多,但是小分子的就有可能会变淡。

BB. 我想问您裂解细胞用三去污裂解法,还是用上样缓冲液?
解答:用上样缓冲液,这样有几个好处,可以提取总蛋白,同时又可以让磷酸化酶失活。

CC. 采用tank system有什么讲究?
解答:建议低电压,长时间,(一般tank System 用衡压好点),如 28V 14-16hrs。

DD. 做HSP WESTEN定量,同样的抗体免疫组化能做出,而WESTEN却不能?
解答:这多半是抗体的问题,要看抗体的说明,是否能做Western Blot和IHC。

EE. 膜一般要如何处理?
解答:一般用甲醇泡泡就可以了。

FF. 如果是6×8转印膜,要加多少一抗?
解答:一抗的稀释度是有说明的,根据你的一抗看看就知道了,但是那么大的膜孵育体积一般最少为3-5ml。

GG. 上下槽缓冲液有何要求,怎样才能达到最佳效果。
解答:无要求。

HH. 跑电泳的时候配的胶总是“缩”是什么原因呢?是有的成分不对吗?
解答:没什么问题,就是你胶里的水分被蒸发了。过夜时拿保鲜膜包起来,在里面加点水保持湿度就可以了。如果过夜,胶里的水分被蒸发,采用保鲜膜包上也可以;也可能母液(30%聚丙酰胺)有问题,你可以重新配制一份观察;能够替换的试剂,尽量换一下,选用好的试剂,避免找问题麻烦。脱色液中甲醇的含量太高也会造成胶缩。
 
II. 膜、滤纸、胶大小有何讲究?
解答:如果是用的是半干转,顺序为:阴极-》滤纸-》胶-》膜-》滤纸。滤纸的长宽分别比胶小1-2mm,而膜的长宽分别比胶大1-2mm。绝对禁忌:上下两层滤纸因为过大而相互接触,这样会短路,电流不会通过胶和滤纸。

JJ. 蛋白质的分子量跨度很大,如要分离小21KD,中至66KD,大至170KD,可以一次做好吗?
解答:这么广的分布不好转移,一般建议:21kd和66kd可以一起转,12%SDS-PAge, 湿转36V , 3-5hrs就可以了, 可以根据你实验室的经验调节;170kd 用7%SDS-page, 48V 10hrs-16hrs。

KK. 不能很好地将大分子量蛋白转移到膜上, 转移效率低怎么样解决?
解答:可以考虑:转移缓冲液中加入20%甲醇(是指终浓度)(优化的转移缓冲液,可以参考《蛋白质技术手册》),因为甲醇可降低蛋白质洗脱效率,但可增加蛋白质和NC膜的结合能力,甲醇可以防止凝胶变形,甲醇对高分子量蛋白质可延长转移时间;转移缓冲液加入终浓度0.1%SDS,也是为了增加转移效率;用优质的转移膜,或使用小孔径的NC膜(0.2微米);使用戊二醛交联;低浓度胶,如低至6%。太大时还可以考虑用琼脂糖胶;提高转移电压/电流;增加转移时间。

LL. 如何选择最合适的蛋白杂交膜?
解答:蛋白质印迹杂交是分子生物学实验中极为常用的一门技术。选择质量上层、合乎要求、方便适用的杂交膜是决定这项实验成败的重要环节。根据杂交方案、被转移生物大分子的特性以及分子大小等等因素,我们要量体裁衣,从杂交膜的材质、孔径和规格上都要做出合理的选择。
硝酸纤维素膜:硝酸纤维素膜是蛋白印迹实验的标准固相支持物。在低离子转移缓冲液的环境下,大多数带负电荷的蛋白质会与硝酸纤维素膜发生疏水作用而高亲和力的结合在一起,虽然这其中的机制还不是十分清楚,但由于硝酸纤维素膜的这个特性,而且易于封闭非特异性结合,从而得到了广泛的应用。在非离子型的去污剂作用下,结合的蛋白还可以被洗脱下来。根据被转移的蛋白分子量大小,要选择不同孔径的硝酸纤维素膜。因为随着膜孔径的不断减小,膜对低分子量蛋白的结合就越牢固。但是膜孔径如果小于0.1mm,蛋白的转移就很难进行了。因此,我们通常用0.45μm和0.2μm两种规格的硝酸纤维素膜。大于20kD的蛋白就可以用0.45μm的膜,小于20kD的蛋白就要用0.2μm的膜了,如果用0.45μm的膜就会发生“Blowthroμgh”的现象。从膜的质地上来看,最重要的指标就是单位面积上能够结合的蛋白的量。硝酸纤维素膜的结合能力主要与膜的硝酸纤维素的纯度有关,市场上有些硝酸纤维素膜通常会还有大量的醋酸纤维素,因而降低了蛋白的结合量。S&S公司采用的是100%纯度的硝酸纤维素,保证了最大的蛋白结合量,可达80-150μg/cm2。由于100%的纯度,因而也大大减少了非特异性的结合,降低杂交背景,无需高严谨度的洗脱步骤。其次,膜的强度和韧性也是需要考虑的因素。常规的硝酸纤维素膜比较脆,漂洗一两次就会破损,不能反复使用。
PVDF转移膜:PVDF是一种高强度、耐腐蚀的物质,通常是用来制造水管的。PVDF膜可以结合蛋白质,而且可以分离小片段的蛋白质,最初是将它用于蛋白质的序列测定,因为硝酸纤维素膜在Edman试剂中会降解,所以就寻找了PDVF作为替代品,虽然PDVF膜结合蛋白的效率没有硝酸纤维素膜高,但由于它的稳定、耐腐蚀使它成为蛋白测序理想的用品,一直沿用至今。PVDF膜与硝酸纤维素膜一样,可以进行各种染色和化学发光检测,也有很广的适用范围。这种PVDF膜,灵敏度、分辨率和蛋白亲和力在精细工艺下比常规的膜都要高,非常适合于低分子量蛋白的检测。但PVDF膜在使用之前必需用纯甲醇进行浸泡饱和1-5秒钟。
离子交换型转移膜:硝酸纤维素和PVDF膜是靠疏水作用结合蛋白的,还有一类膜是根据离子交换的方式结合生物大分子的。由DEAE(二乙氨乙基)修饰的纤维素制成的DEAE阴离子交换膜同样可以 作为蛋白质印迹的固相支持物。DEAE可以有效的结合阴离子基团,包括那些高于其等电点的蛋白质。在pH10以下,DEAE基团都能带电荷,在低离子强度的转移液中结合蛋白分子。其最适的pH环境为5-7。DEAE膜可以用于蛋白多糖、病毒、酶以及血红蛋白的研究。这种0.45μm孔径的DEAE膜,除了可以做Western Blotting外,还可以用于核酸结合研究。
还有一种离子交换型膜是羧甲基(CM)修饰的纤维素膜,它可以结合蛋白和多肽分子,以及其他的一些带正电荷的样品,最适结合pH范围在4-7。结合的多肽分子可以从CM膜上洗脱下来,用于氨基酸系列分析或微测序。

5. Marker的相关疑问

MM. 我用的是可视marker(BIO_RAD),但是电泳总跑不全8条带,请问什么原因?怎样改善?胶用过8%,10%,12%,都是这样。marker是新买的。
解答:一般来说,是小分子量Marker跑走了,增加胶浓度或减少电泳时间试试看。当然梯度胶也是不错的选择。

NN. 用的是Roche molecular Biochemicals公司的由100kd,75kd,45kd,30kd,20kd,10kd组成的marker。开始做Western Blot时还能够看到marker,当然也仅能看见其中最多三条带。用80V进行SDS-PAGE电泳,用恒压10V45min转印的。前几次做Western Blot时没有进行丽春红染色,但尽管用了此方法也仅能看到marker有一条大约是30KD的条带出现。再就是把70KD和130KD两个目的蛋白同时在一块胶上进行分析,用培养基样品进行分析,没有用间接法,而是直接用融合蛋白C端的V5表位的酶联抗体(Anti-V5-HRP)。但就是出不来结果,我很茫然。谢谢您过给予指点!
解答:1、“我用的是Roche molecular Biochemicals公司的由100kd,75kd,45kd,30kd,20kd,10kd组成的marker。开始做Western Blot时还能够看到marker,当然也仅能看见其中最多三条带。”有的时候,Prestained Marker 放久了效果就会变差,电泳是条带不清晰,扩散。但是你的问题可能还有其他的方面的问题,可能是蛋白跟膜结合的不紧密。转移是多加点甲醇。
2、“前几次做Western Blot时没有进行丽春红染色,但尽管用了此椒ㄒ步瞿芸吹�arker有一条大约是30KD的条带出现。”转移时半干法建议用恒流,你这样的也就30kd-50kd的转移地比较好。
3、“再就是把70KD和130KD两个目的蛋白同时在一块胶上进行分析,用培养基样品进行分析,没有用间接法,而是直接用融合蛋白C端的V5表位的酶联抗体(Anti-V5-HRP)。”
是否检测了表达量,二抗是否是好的,你做了阳性对照?你要做这么大的蛋白最好转移时间延长到1.5hrs。

 

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