蛋白质组学

蛋白鉴定|蛋白鉴定质谱技术

单个蛋白质身份鉴定是生物化学领域常见的问题,目前有两大方法论:Edman降解法和质谱法。质谱法又细分为两类:MALDI-TOF和LC-MS/MS,LC-MS/MS是主流文献中常用的方法,具有更高的灵敏度和几乎100%的可靠性,且具有MALDI-TOF不可比拟的从单一蛋白质胶带中准确鉴定出多个蛋白质组分的能力。

武汉采用AB
SCIEX的5600-plus质谱平台,可提供蛋白胶点、胶条鉴定,蛋白N-端测序,蛋白C-端测序,蛋白翻译后修饰位点鉴定,蛋白复合体鉴定技术服务。

 

一、蛋白胶点、胶条鉴定

 

蛋白胶点、胶条鉴定是目前使用最广泛的蛋白质组学研究手段,用双向电泳(Two-dimensional gel
electrophoresis,2-DE)和聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE,Sodium Dodecyl Sulfate
Polyacrylamide Gel
Electrophoresis)分离蛋白质混合物,收集目的蛋白质胶点和胶条,经胶内酶解后用于质谱分析以获得蛋白质信息。

 

采用MS/MS技术进行蛋白胶点、胶条鉴定,并对胶内酶解法进行系列优化,显著提高了蛋白质胶内酶解的质谱鉴定成功率和肽段覆盖率。

 

二、蛋白N-端测序

 

几乎所有的蛋白合成都起始于N-端,蛋白质N-端的序列组成对其的生物学功能有着巨大的影响力,对蛋白进行N-端测序分析,有助于分析蛋白质的高级结构,揭示蛋白质的生物学功能。

 

N-端测序一般采用Edman
降解法和质谱法,但Edman不能解决N-端封闭肽的测序问题。采用先进的LC-MS/MS技术进行N-端测序,可以测出封闭和修饰的蛋白质末端,所需样品量少、速度快。

 

三、蛋白C-端测序

 

C-端序列是蛋白质和多肽的重要结构与功能部位,对蛋白质的生物功能甚至起到决定性作用。随着蛋白质组学研究的不断深入,
C-端测序对蛋白质功能研究发挥着越来越重要的作用。对于蛋白生物制品来说,C-端测序必不可少,随着蛋白质组学研究的不断深入,蛋白质C-端测序对其功能研究将发挥越来越重要的作用。

采用串联质谱法进行蛋白质C-端测序,将蛋白质经胰酶等酶切后,直接用串联质谱测定酶切肽段的混合物,然后通过一级质谱选择C-端肽段离子进行二级质谱碎裂,得到C-端序列,所需样品量少、速度快。

 

四、蛋白翻译后修饰位点鉴定

 

蛋白质翻译后修饰(PTMs)几乎参与了细胞所有正常生命活动的过程,并发挥十分重要的调控作用。蛋白质修饰位点能够影响蛋白的多种属性,包括蛋白质折叠、活性以及最终的功能,对于蛋白质修饰位点的发现及研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。

采用超高分辨率质谱技术结合生物信息学分析,提供磷酸化、乙酰化、泛素化、甲基化、糖基化等蛋白翻译后修饰位点鉴定技术服务。

 

五、蛋白复合体鉴定

 

蛋白质很少单独发挥作用,在所有生物功能中,蛋白复合体的功能占主导地位。在所有细胞中,蛋白质是最重要的组成部分,并且在大多数细胞功能中蛋白质间的相互作用是最基本的活动

SWATH定量方法确定蛋白复合体的成分是SWATH定量方法最常用的应用之一。

借助高精度质谱平台,开发了一套从实验到生物信息分析的AP-SWATH流程,采用TAP技术将目标靶蛋白的相互作用蛋白特异性富集,然后结合具有高灵敏度、高准确度、高通量等特点的SWATH定量技术,能够高特异性的准确富集到靶蛋白的特异性相互作用蛋白,实现蛋白复合体的准确鉴定。

 

1.服务特色

 

技术特点

1.1、是国内家提供SWATH定量蛋白质组技术服务的公司;

1.2、采用AP-SWATH技术,不需要过多的背景知识就可以得到大量含靶蛋白的复合体;

1.3、蛋白表达及与复合物的结合都接近生理水平;

1.4、采用两步亲和纯化,大大提高了纯化产物的特异性。

适用范围

TAP更倾向于高丰度和稳定的相互作用,许多低亲和力、瞬时和依赖特殊细胞环境的相互作用可能检测不到,

特别适用于研究蛋白质在生理条件下的相互作用,

一次实验只能检测一个蛋白的相互作用蛋白。

 

2.服务说明

 

服务流程

接受订单及样品——亲和纯化产物——LC-MS/MS——数据解析——蛋白复合体确认——结果交付——客户提供

需鉴定的样品(胶粒/条带、液体、干粉);

样品信息单;需详细填写样品来源、含量、状态及其他基本信息

最终交付

实验报告一份,含具体实验流程及蛋白复合体鉴定结果(生物信息学分析)。

生物信息学分析内容包括:

、根据参考谱图库解析SWATH谱图,鉴定肽段、蛋白,结果可靠性评估;

、根据碎片离子的XICs进行相对定量,差异表达分析;

、对鉴定到蛋白GO功能注释、Pathway代谢通路注释;

、差异表达蛋白GO、Pathway功能富集分析;

、主成分分析(PCA),发现差异蛋白质或者复合体成员。

 

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