表观基因组学

ChIP-Seq分析小实战(二)

ChIP-Seq分析小实战(二)

在ChIP-Seq分析小实战(一)中以将数据做好了准备,接着就是按照文章中所述将ChIP-seq数据用botwie比对至NCBIM37基因组上,但是这次我还是按照教程的方法,使用bowtie2比对至mm10基因组上 >The …
ChIP-Seq分析小实战(三)

ChIP-Seq分析小实战(三)

做完前面两部分实战总结ChIP-Seq分析小实战(一) ChIP-Seq分析小实战(二),这个实战教程也剩下了最后的peak注释以及可视化了 简单的说,这次的chip-seq实战可以分为以下几个步骤: 测序数据的下载及质控 mapp…
甲基化芯片入门学习-数据分析(三)

甲基化芯片入门学习-数据分析(三)

由于开始时文献阅读的不多,导致对一些甲基化芯片文章的理解造成了一定的偏差,这篇笔记陆陆续续改了几次 之前甲基化入门学习时本打算重复下提纲给的文献,但是后来学习过程中发现GEO上下载的RAW文件里没有该样本信息文件,就用了ChAMP包…
甲基化芯片分析-minfi包

甲基化芯片分析-minfi包

之前学习了ChAMP包来处理甲基化芯片分析的整个常规流程,这个包整合了好多常用工具以及分析算法,对使用者来说非常的便捷;但是从其说明文档来看,对于一些比较基础的过程讲的比较少,作为主要的读入芯片数据那步来说,我还是没明白芯片数据是怎…
表观基因组学-Epigenomics

表观基因组学-Epigenomics

表观基因组学——Epigenomics 表观基因组学是一门在基因组的水平上研究表观遗传修饰的学科。表观遗传修饰作用于细胞内的DNA和其包装蛋白、组蛋白,用来调节基因组功能,表现为DNA甲基化和组蛋白的翻译后修饰,这些分子标志影响了染…