科研动态

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

使用BioEdit生成和绘制蛋白质进化树

2 8,686 BioEdit是一个功能很强大的生物学软件,整合了很多常用的生物信息工具。如:多序列比对,质粒图谱的绘制,查看DNA序列的酶切位点等等。使用BioEdit可以方便的生成和绘制进化树。首先,打开序列。我们这里是一个含有…
Ka/Ks与进化选择压力

Ka/Ks与进化选择压力

15,830 在遗传学中,Ka/Ks或者dN/dS表示的是异意替换(Ka)和同意替换(Ks)之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。 不导致氨基酸改变的核苷酸变异我们称为同义突变,反之则称为非同义突变。一…
用RAxML构建极大似然进化树

用RAxML构建极大似然进化树

4 21,580  RAxML 是用极大似然法建立进化树的软件之一,可以处理超大规模的序列数据,包括 上千至上万个物种,几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的 A. Stamatak 博士。 RAxML …
phylip安装与使用方法介绍

phylip安装与使用方法介绍

11,176 之前介绍了用RAxML构建极大似然进化树的方法。本文另外介绍一款很经典的构建进化树的软件--- Phylip。以下是官方介绍:PHYLIP is a free package of programs for infer…
DNA分子进化及其理论基础

DNA分子进化及其理论基础

3,572 从19世纪60年代起,许多生物学家便开始着手重建地球上所有生命的进化历史,并以系统树的形式描述这部历史。传统上,构建系统树是利用化石证据,通过严密的推理或计算,来表示不同物种间遗传距离及进化顺序。但是由于化石的零散性和不…
估计进化速率

估计进化速率

2,237 估计进化速率的几种软件:1 Beast它使用MCMC的方法进行进化树的构建和一系列参数的估计,而且给出可信度区间。它的结果比较准确,但是要得到最终的好的结果需要大量的尝试,修改各种参数使得结果最优2 r8s使用基于最大似…
如何在分子水平检测正选择

如何在分子水平检测正选择

3,169 以下是杨子恒写于2000年的综述,转摘自集百家(http://www.dxyer.cn/tzeng/)。文中标{}的是原文中的英文词。恐翻译有差故而注出;标[]的是原文中参考文献的标号;标<>的是在翻译时加的…