转录组学

WGCNA的总结

WGCNA的总结

WGCNA全名Weighted Gene Co-Expression Network Analysis,粗略翻译为加权基因共表达网络分析,因此可以归于共表达网络分析。 WGCNA主要运用于在大样本基因表达数据,从中挖掘出具有相似表达…
转录组的组装Stingtie和Cufflinks

转录组的组装Stingtie和Cufflinks

首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量。前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了…
比对软件STAR的简单使用

比对软件STAR的简单使用

第一次听说START这款比对软件是因为其是ENCODE计划的御用软件,ENCODE计划(ENCyclopedia Of DNA Elements)又称人类基因组DNA元件百科全书计划,是2003年在人类基因组计划完成之后紧接着的又一…
GATK calling variants in RNA-seq

GATK calling variants in RNA-seq

如果在WGS上call variants的话,有不少软件以及相关流程,比如有名的GATK best practices。其实GATK也有一套对于RNA-Seq相关的call variants的流程方法,粗略一看其实跟WGS的差不多,…
Htseq Count To Fpkm

Htseq Count To Fpkm

我们通过HTseq-count对hisat2比对后的bam文件进行计数后,会得到每个基因上比对上的reads数,也就是通常所说的count数。接着如果需要比较不同样本同个基因上的表达丰度情况,则需要对count数进行标准化,因为落在…
rMATS差异可变剪切分析

rMATS差异可变剪切分析

rMATS是一款对RNA-Seq数据进行差异可变剪切分析的软件。其通过rMATS统计模型对不同样本(有生物学重复的)进行可变剪切事件的表达定量,然后以likelihood-ratio test计算P value来表示两组样品在Inc…
转录组定量-featureCounts

转录组定量-featureCounts

在转录组定量分析时,如果采用的是alignment-based转录组定量策略,那么一般会使用的是HISAT2、STAR或者TopHat等比对软件。 接着则是对转录组进行定量,如果是基于基因水平的定量,我之前一般是采用HTSeq-co…
Alignment-free的转录本比对工具-Salmon

Alignment-free的转录本比对工具-Salmon

我们常见的转录组表达分析一般都是将reads比对至参考基因组或者转录组上,然后在基因或者转录本水平上定量表达丰度。 如果是在基因水平上的定量分析,那么一般可以选择用HISAT2比对,HTSeq-count定量;如果是在转录本水平,可…
Alignment-based的转录本定量-RSEM

Alignment-based的转录本定量-RSEM

在之前的一篇博文Alignment-free的转录本比对工具-Salmon提到了用Alignment-free的Salmon来基于转录本水平进行表达丰度的定量。 我最早接触转录本的定量则是Alignment-based transc…
rMATS可视化-rmats2sashimiplot

rMATS可视化-rmats2sashimiplot

之前的对rMATS软件做笔记的时候,提到过rmats2sashimiplot这款专门用来对rMATS分析结果做可视化的软件,最近尝试用了下,操作比较简洁,但是还是留了点问题没解决 rmats2sashimiplot,网址:rmats…