转录组学

RNAseq中Reads的可视化及注释

RNAseq中Reads的可视化及注释

1 5,626Transcriptomics 对于复杂的组学数据,能尽可能方便地直接观察数据对于数据的分析和解释都非常重要,对新一代测序数据的可视化和交互展示是一个非常重要但容易被人忽视的问题.不深入考查数据的细节,而是满足于对数据…
RNAseq测序reads定位

RNAseq测序reads定位

4,519Transcriptomics 获得RNA-seq的原始数据后,首先需要将所有测序读段通过序列映射(mapping)定位到参考基因组上,这是所有后续处理和分析的基础.在读段定位之前,有时还需要根据测序数据情况对其做某些基本…
Bowtie使用介绍

Bowtie使用介绍

1 31,068Transcriptomics Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具。它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度。Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同…
ChIP-Seq测序深度如何选择?

ChIP-Seq测序深度如何选择?

2,443Transcriptomics ChIP-seq分析过程中,随着测序深度加大,读长数目增多,分析得到的结合位点(‘峰’)的数目也随之增多,但会出现饱和,饱和以后,读长数目增加, ‘峰’的数目基本上不再改变。根据这个规律,为…
转录组测序问题集锦

转录组测序问题集锦

转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,转录组测序(RNA-seq) 是最近发展起来的利用深度测序技术进行转录分析的方法,可以对全转录组进行系统的研究。 Roche GS FLX Titanium 、Illumina…
ChIP-Seq分析常见问题集锦

ChIP-Seq分析常见问题集锦

11,178Transcriptomics 染色质免疫共沉淀测序(ChIP-Seq)是指对染色质免疫共沉淀(ChIP)获得的DNA片段进行大规模测序,并能把所研究蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上。Roche GS FLX Ti…